冲洗船舱的灰土、船舱垫尘、油污等产生的废水，该类废水属于含油废水或含有一定毒性液体的污水。定期清洗船舶燃油舱安全有效的方法是安排船舶进坞彻底检查和清洗，短期内安排全球所有正在使用HSFO的船舶进船坞清洗燃油舱并不现实。清洗方法所用时间是基于航运实践的经验总结，并不一定适用于每一船舶。IMO也表示，船舶为满足0.50%m/m含硫量上限而备舱所需的时间和工作量难以预估。

油舱在清洗之前需要排空，这段时间也应计算在内，且冲洗船上燃油系统管路还需要1-2天。油舱清洗后的残余物应通过正确方式排放或由港口接收设施处理。限硫令生效后，预计大多数船舶将使用含硫量低于0.50%的馏分燃料，但是目前大部分船舶一直在使用高粘度高硫燃料油。冲洗船舱的灰土、船舱垫尘、油污等产生的废水，该类废水属于含油废水或含有一定毒性液体的污水。

定期清洗船舶燃油舱安全有效的方法是安排船舶进坞彻底检查和清洗，短期内安排全球所有正在使用HSFO的船舶进船坞清洗燃油舱并不现实。在2015年，IMO实行排放控制区（ECA）内使用0.10%m/m含硫量上限的规则生效后，已经有很多船舶采用添加剂的方式清洗燃油舱成功的案例。残留物通常也会凝固并沉淀在燃油系统的各个部分，包括管道、沉淀柜和日用柜。

如果雇佣工程队轮流清洗，则每个油舱至少需要2天，同样为周全考虑，好为每个油舱预留出4天时间。一些航运公司在更换使用燃油舱之前会使用化学添加剂进行清洗。实践证明，这是减少清洗油舱非常有效和经济的方式之一。如果船舶在船坞中仅仅清洗了燃油舱，而没有进行管路冲洗，船舶在接收完合规燃油后仍需要2-5天的时间来冲洗燃油系统管路以达到排放要求。